En tanto, la subprocuraduría de procesos informó que, en la audiencia de individualización de sanciones y reparación del daño, se determinó que el sentenciado deberá pagar 427.519 pesos (unos 21.200 dólares) "por los conceptos de reparación del daño, indemnización y gastos funerarios". Además, se estableció que no tendrá beneficios ni sustitutivos de la pena de prisión al encontrarse culpable del delito de homicidio calificado.
El 20 de junio de 2019, la Fiscalía de la Ciudad de México anunció la captura del sacerdote como principal sospechoso del asesinato de Avendaño. El sacerdote, Bautista Avalos, llevaba 15 años como responsable de la parroquia a la que asistía el seminarista, señaló en aquel la entonces Procuraduría (actual Fiscalía) General de Justicia de la Ciudad de México. De acuerdo con la investigación, la Fiscalía llegó hasta él porque antes de desaparecer, el seminarista le envió a su hermano un mensaje en el que la confirmaba que se reuniría con el sacerdote. Dos días después el cuerpo de Leonardo Avendaño fue hallado con signos de tortura y asfixia dentro de un vehículo.
La próxima audiencia de lectura y explicación de la sentencia al sacerdote se llevará a cabo el 13 de abril.