Entre los primeros trabajos científicos de Panikkar, es necesario destacar por su extensión y profundidad dos: “El indeterminismo científico” y “La entropía y el fin del mundo. Un problema de cosmología”.
En el primero, de más de treinta páginas, y en el que discurre el autor abundantemente -con amplia utilización de fórmulas matemáticas y su significado en física- sobre el significado de las relaciones de inexactitud y el principio de indeterminación de Heisenberg, dice Panikkar: “Han pasado aquellos tiempos de final de siglo... en que se podía decir con visos de sentencia definitiva: La ciencia ha clamado”; una afirmación marcada por la concepción cartesiano-kantiana de la realidad. “La Física aspira a la Metafísica”, dice también aquí. “El proceso completo de cualquier verdad debe terminar necesariamente en la Filosofía”. Acorde con la nueva física, dice Panikkar:

“En la naturaleza reina una compleja armonía fruto de la subordinación de los órdenes de las diversas esferas del ser. Todo orden no destruye o suprime la inferior organización, sino que se asienta en las posibilidades que esta última deja abiertas…
Después de todo lo dicho aparece claro que la indeterminación radica en la inexactitud que forzosamente debe cometer todo observador que tenga que recurrir en último término a la experiencia y no en la indeterminación de la partícula. La última contextura física de la realidad es, pues, indeterminable, no indeterminada” (“El indeterminismo científico”).

En su trabajo “La entropía y el fin del mundo. Un problema de cosmología”, reduce las fórmulas matemáticas y los tecnicismos del trabajo anterior, pero manifiesta igualmente su sólida formación científica; estudia el sentido físico de los dos primeros principios de la termodinámica, para llegar a una posible simbiosis entre Ciencia y Filosofía de cara a la estructura ontológica de las físicas actuales.

Más de veinte años después, Panikkar publica en Arbor un largo ensayo que vuelve a reflejar esta formación científica y filosófica (1966), trabajo que pronto se convertiría en uno de sus libros con el mismo título: Técnica y tiempo. La tecnocronía (1967).

Cincuenta años después de su trabajo citado sobre el indeterminismo científico, publica un opúsculo de expresivo título Pensamiento científico y pensamiento cristiano (1994), recogido posteriormente en La puerta estrecha del conocimiento (2005). Hace aquí referencia a que sigue trabajando en un libro muchos años acariciado: El conflicto de las cosmologías. Para Panikkar, el pensamiento científico es sólo “una forma muy particular y restringida de pensamiento”, debido a la abstracción activa que hace de una parte de la realidad (los parámetros cuantificables) y la abstracción pasiva ante aquello que no entre en esos parámetros, excluyendo lo que no sea intrínsecamente objetivable. Aunque también el cristianismo sea “una forma particular y restringida” de pensamiento: exegético (en base a la Biblia), exclusivo (pretende haber captado una verdad y no quiere desviarse de ella) y existencial (ciencia de salvación individual).
Las notas de estas cosmovisiones científica y cristiana son:
- La cosmovisión científica es: a) mono-cultural (europea), b) mono-racional (circunscrita a un tipo de racionalidad, la matemática) y c) autosuficiente o autorregulable (se basta a si misma y se autoperpetúa).

- La cosmovisión cristiana es: a) mono-teísta (el Dios creador causa del mundo), b) antropocéntrica (el hombre centro del universo) y c) acrítica (rechazo de la ciencia).
Por eso, el conflicto entre ciencia moderna y fe cristiana es “un conflicto entre cosmovisiones”, en el que el pensamiento cristiano tradicional fue prácticamente desplazado por el pensamiento científico. Panikkar lo explica con cuatro ejemplos:
1) Big-bang (creación del mundo frente a un universo no causado).
2) Evolucionismo.
3) Virginidad de María.
4) Resurrección de Jesús.
Aunque esta perspectiva acientífica ha ido evolucionando, en parte, en las ultimas décadas con el acercamiento de la Iglesia a la ciencia moderna; tiene razón Panikkar cuando habla de que hay una “diferencia cosmovisional” que enfrenta a las dos cosmovisiones; la única solución es aceptar la relativización de toda cosmovisión: “El mundo no es ni subjetivo ni objetivo, sino el punto donde se encuentran la objetividad y la subjetividad”.

El concepto panikkariano fundamental para unir íntimamente Ciencia, Filosofía y Teología es el de ontonomía, uno de los fundamentales del pensamiento de Raimon Panikkar, tesis de su libro Ontonomía de la ciencia (1961). El autor lo expresa ya en la Introdución, contraponiendo este concepto de ontonomía a los ya clásicos de heteronomía y autonomía, que debían ser superados:

“Después de una primera etapa en que la Ciencia vivía amparada y protegida, pero también sofocada y atada por la Filosofía, que dictaba heteronómicamente sus leyes a todos los demás saberes, la Ciencia se emancipó recabando para sí una autonomía completa, que le llevó al cientismo... Es ahora, cuando la euforia de la independencia ha menguado... que el clima para la tercera etapa ontonómica está preparado... La autonomía que la Ciencia recababa para sí frente a la heteronomía paternalista, va dando lugar a una ontonomía armónica que permite integrar a la Ciencia dentro de la cultura humana, sin totalitarismos unilaterales.
Llamo ontonomía... al reconocimiento o al desarrollo de las leyes propias de cada esfera del ser o de la actividad humana... pero sin separación ni interferencias injustificadas... Ni toda la realidad nos viene descubierta por la Ciencia, ni tampoco por la Filosofía”.

La ontonomía es el nómos toû óntos, el nomos interno y constitutivo de cada ser, un concepto que puede ser crucial tanto para el ámbito del pensamiento (científico, filosófico, teológico-espiritual...) cómo para la política, la economía y cualquier ámbito de la vida. Se trata de excluir tanto la independencia separada o desconectada de las esferas particulares del ser (autonomía), como la dominación de unas esferas sobre otras (heteronomía), para llegar a una integración armoniosa de las distintas partes en el todo (ontonomía). La persona es la realidad que permite al ser encontrar un orden ontonómico. Unos años antes de Ontonomía de la ciencia, Panikkar publicó un interesante trabajo “Le concept d’ontonomie” (recogido luego en Misterio y revelación. Hinduismo y cristianismo, encuentro entre dos culturas, 1971), en el que aplica tres términos respectivos a las tres etapas que acabamos de apuntar: teologismo (etapa de heteronomía en la Antigüedad y en el alta Edad Media), humanismo (la modernidad que llevó a la actitud de independencia y autonomía humana) y teandrismo (nueva concepción de la relación entre la criatura y Dios). Panikkar nos da aquí la más precisa definición de ontonomía:

“La ontonomía expresa este carácter particular de los seres y descubre las leyes profundas que se derivan de ôn, considerado en su totalidad y la relación sui generis que tiene con la fuente y el origen de todo ser... La ontonomía descubre las leyes misteriosas e intrínsecas que permiten el desarrollo armónico de un ser, según su íntima constitución sin hacer violencia a los otros seres. Existe un orden ontonómico que tenemos que descubrir, porque sólo él nos descubre la estructura del mundo”.

Para concluir, en Ontonomía de la ciencia ya apunta Panikkar uno de sus temas más reiterados: la crítica de la ciencia y la tecnología, sin que suponga una falta amor a la materia. Panikkar critica la “ceguera para la totalidad” de muchos científicos; su “falta de auténtica y honda inquietud ontológica”. La crítica que Panikkar hace de la ciencia no es premoderna, no nace de ningún prejuicio ante lo científico, sino que tiene en cuenta éste y es más radical que la planteada desde el marxismo (Marcuse o Habermas) y desde otras perspectivas (Ortega y Gasset, Husserl, Jaspers o el mismo Heidegger). Por eso, escribe un gran conocedor suyo, Raúl Fornet-Betancourt:

“Raimon Panikkar no critica ni nos pone en guardia frente a la ciencia por lo que ésta tiene de ciencia sino más bien por lo que ella cree que representa; o, si se prefiere, por la imagen que se ha creado y que nosotros mismos cultivamos... no apunta a la condenación sino a la relativización del significado que la ciencia tiene en la historia de la humanidad” (“Ciencia, tecnología y política en la filosofía de Raimón Panikkar”, en Ignasi Boada (ed.), La filosofia intercultural de Raimon Panikkar, 2004).

Ciencia y Filosofía son dos métodos diferentes que responden a distintos estratos de una misma realidad; ni la una ni a otra son capaces de captar toda la realidad, que “no es totalmente asequible al pensar científico”, por eso deben estar íntimamente relacionados. La Teología completa los puntos de vista de la Ciencia y la Filosofía con una perspectiva diferente, pretendiendo dar respuesta a la pregunta final sobre el fin del ser humano: “El último paso consiste en descubrir que esa ley cósmica general no es más que un reflejo de la misma Divinidad”. Por eso, como dice ya en uno de sus primeros trabajos: “Lo que interesa no es la Filosofía, ni la Teología, ni la Ciencia en cuanto tales. Interesa la solución armónica de todos los problemas que la vida del hombre sobre la tierra y su complejidad presenta... fundir la síntesis personal [la unidad del hacer del ser humano] con la síntesis objetiva [restablecer el orden cósmico]”(“Visión de síntesis del universo”, en Humanismo y cruz, 1963).