Cuando Lutero publica sus 95 tesis en 1517, llevaba ya varios años pensando de forma heterodoxa y cuestionando temas básicos de la teología católica. El gran pecado de obispos y sacerdotes era, según él, el falseamiento de la doctrina en la predicación, no la corrupción moral, sino la adulteración de la verdad. Lutero no impugnaba simplemente la mala vida tan extendida entre el clero, sino lo que él consideraba la falsa doctrina, que no tenía base bíblica.

A su controversia académica sobre las indulgencias, el carismático Lutero unía fogosos sermones que magnetizaban a los oyentes, produciendo alivio y consolación espiritual a las conciencias, al sentirse salvadas por la sola fe y la misericordia divina, no por el mérito de buenas obras (ayunos, abstinencias, peregrinaciones etc).

El Papa León X, por medio del cardenal Cayetano, le conminó a retractarse de sus errores, a lo que Lutero se negó, quemando en público la bula papal Exsurge Domine, de modo que en 1521 el papa lo excomulgó y el emperador lo declaró fuera de la ley.

La Dieta de Worms ordenó su captura, pero Lutero, apoyado por el príncipe elector Federico de Sajonia, se refugió en el castillo de Wartburg, lo que fue su salvación (la corpórea, no la anímica). Allí comenzó la traducción de la Biblia al alemán, ayudado por su colaborador el filólogo humanista Philip Melanchthon, que helenizó su apellido alemán.

La posibilidad de leer la Biblia en alemán convirtió en muy popular la nueva rama del cristianismo, pues eran pocos los que sabían latín para leer la Vulgata de San Jerónimo.

Lutero no pretendía al principio separarse de la Iglesia de Roma. Lo que buscaba era restablecer lo que consideraba el sentido auténtico del cristianismo originario, como tantos otros que trataban de recuperar el genuino “espíritu evangélico”, entendido como paradigma de verdad y de moralidad. Pero se trataba más bien de un retorno al evangelio de Pablo,  centrado en la salvación por la fe (Rom 10, 9) y muy diferente del evangelio de Jesús.

Debido a ello y siguiendo a su admirado Occam, se opuso con firmeza a la síntesis de la Escolástica, especialmente la de Tomás de Aquino, por haber asimilado el intelectualismo de la razón filosófica griega, lo que contaminaba de paganismo el mensaje evangélico (Aristóteles era el gran pagano introducido en el cristianismo).

Luchaba, pues, contra la la helenización del cristianismo,  una controversia ampliada y radicalizada por el teólogo liberal  Adolf von Harnack (1851-1930), que entendía la dogmática católica como una falsificación del Evangelio por la metafísica griega.

Una reacción a la especulación abstracta de la teología escolástica ya se había producido en el siglo anterior con la nueva espiritualidad del movimiento laico de la llamada devotio moderna, que valoraba la vivencia sentida de la fe frente al frío razonamiento abstracto de los dogmas.

La amplia difusión de la Imitación de Cristo de Tomás de Kempis es un claro ejemplo de esa reacción, de modo que la abstracta cristología de los teólogos se sustituyó en el culto de los fieles por una “cristopatía” (sufrimiento de Cristo), que promovía desde la vivencia emotiva, la identificación con la “vía dolorosa” o el “via crucis” de la pasión y muerte del Jesús crucificado. 

Es una vivencia recogida en el célebre soneto anónimo: “No me mueve, mi Dios, para quererte - el cielo que me tienes prometido”... “muéveme el verte - clavado en una cruz y escarnecido - muéveme ver tu cuerpo tan herido”...

Con la evolución de la controversia teológica, Lutero terminó refutando puntos esenciales de la doctrina católica, como el primado del papa y de su magisterio, la concepción de la justificación o absolución de los pecados mediante las buenas obras, el sacrificio de la misa junto a la transustanciación eucarística, la doctrina sacramental, el pecado original, el libre albedrío o la  interpretación de la Escritura bajo la guía y monopolio del magisterio eclesiástico, etc.