La nueva doctrina de Lutero fue condenada primero por la bula Exsurge Domine de León X (en 1520), que enumeraba sus variados errores, y más tarde por el concilio tridentino.

Lutero se oponía no sólo al primado de la autoridad papal, sino a toda la jerarquía eclesiástica como intermediaria entre las almas y Dios mediante el culto externo sacramental. Su nuevo concepto de la religión cristiana se centraba en la relación íntima del alma con Dios, rasgo característico de toda la tradición protestante posterior.

Entendía la Iglesia como la “comunidad espiritual de las almas unidas por la sola fe”, idea contraria a la jerarquía a nivel jurídico. En el sacramento de la eucaristía admitía la presencia real de Cristo, pero negaba la llamada  transustanciación. Negaba igualmente que la misa fuera un sacrificio añadido al sacrificio de la cruz, que era el único válido, así como también las misas celebradas en privado.

Lutero, a diferencia de Erasmo, fue un enemigo declarado del humanismo, fundado en la literatura, y en la filosofía  grecorromana, que para él equivalía a pelagianismo, a la defensa de la naturaleza frente al sobrenaturalismo de la gracia.  Para la teología protestante posterior, tampoco tiene sentido la idea católica de “humanismo cristiano”.

La Reforma de Lutero pretendía al principio ser sólo religiosa, pero finalmente se convirtió en un movimiento político apoyado por los príncipes alemanes (tres de los cuales eran obispos), movidos por un sentimiento nacionalista germánico y de resentimiento contra el dominio del papa y del emperador Carlos V.

En vida de Lutero, la rebelión de los campesinos alemanes (1524-1525) fue apoyada por el teólogo Thomas Münzer, pero no por Lutero, quien se situó de parte de la nobleza y de la aristocracia alemana contra la insurrección social del campesinado.

En la lucha contra la opresión de la nobleza y del alto clero, el campesinado se sintió traicionado por Lutero, a quien preocupaba más la salvación eterna que la liberación social de las clases oprimidas  y de hecho justificó las terribles matanzas. La guerra del campesinado, precedida de numerosas revueltas, terminó con más de cien mil muertos. El filósofo marxista Ernst Bloch dedicó un libro al teólogo anabaptista  T. Münzer, titulado “Thomas Münzer, teólogo de la revolución. 

Una de las facetas menos conocidas de Martín Lutero es su rabiosoantijudaísmo o antisemitismo. En 1543 publicó una obra contra los judíos, titulada Von den Juden und ihren Lügen (Sobre los judíos y sus mentiras). En ella, aceptando la patraña del pueblo deicida, que venía de la tradición católica, justificaba quemar las sinagogas, destruir sus libros de oración, prohibir la predicación a los rabinos, apropiarse de sus bienes, destruir sus casas y expulsar del país a los que llamaba “gusanos venenosos”.

El antijudaísmo fanático de Lutero, que derivaba directamente de los textos del N. T. y que fue una constante histórica dentro de la teología católica, muestra cómo la exclusión moral de todo un pueblo emanaba del supremacismo de la fe cristiana, afirmada como la única verdadera. Esta actitud de Lutero influirá en el antisemitismo moderno a nivel político y social.

El historiador del cristianismo Ernesto Buonaiuti, uno de los representantes en Italia del movimiento modernista junto a Alfred Loisy, defendió el influjo del antisemitismo de Lutero en el nazismo alemán. De hecho, uno de los jefes nazis condenados en Nürenberg se justificaba mencionando las ideas de Lutero, quien de estar vivo, alegaba, también se sentaría en el mismo banquillo de los acusados nazis.

Partiendo de una interpretación literal de la Biblia, Lutero se opuso a la revolución copernicana, pues “Josué mandó al sol que se detuviera y no a la tierra”, escribía. Justificó igualmente las matanzas de brujas, calificadas de maléficas, creyendo que tenían comercio sexual con el Diablo. 

Su doctrina teológica tenía como modelo lafe ciega de Abrahán, que obedeció la orden divina de matar a su propio hijo. Su acentuado fideísmo, semejante al de Tertuliano de Cartago consideraba la razón, por su origen griego y pagano, la gran enemiga de Dios y “la ramera de Satanás”.

La reacción tardía a la Reforma luterana fue la llamada Contrarreforma católica, establecida y publicada por el concilio de Trento, “cuando el jardín alemán ya era un bosque”, como afirma el historiador G. Villoslada.