El Sócrates platónico de la Apología refuta todas las acusaciones contra él por falsas, las antiguas calumnias  y las actuales de Meleto, al que califica como no digno de crédito (ápistos), intemperante (akólastos) y y violento (hybristés). Las antiguas lo vinculaban con las teorías físicas de Anaxágoras, consideradas impías, y con el sofista Protágoras, pero la mayoría de la gente no captaba la diferencia con los sofistas.

Trata, pues, de restaurar su verdadera imagen, que había sido falseada, también la opinión de cuantos lo consideraban sabio por dedicarse a refutar el saber de los demás. Pero él distingue entre conocer  como sabio lo que es verdad y  conocer lo que no es verdad cuando refuta los errores de otros. No es lo mismo afirmar la verdad que refutar los errores, como afirmará el filósofo Popper.

Rechazada la acusación de impiedad y de corrupción, considera un mandato del dios de Delfos continuar con su actividad: "Yo debo vivir filosofando y examinándome a mí y a los demás", sin temor a la muerte, según el ejemplo de los héroes homéricos, Aquiles en especial. En realidad, temer la muerte equivale a ignorancia (amathía) por creer saber lo que no se sabe.

En efecto, la mayoría juzga la muerte como el mayor de los males posibles, pero él se diferencia de los demás por  "no saber suficientemente sobre las cosas del Hades" y además reconoce no saberlo. "Pero sí sé que es malo y vergonzoso cometer injusticia y desobedecer al que es mejor, sea dios u hombre" (Apología 29 b).

La justicia y la verdad son para él mperativos absolutos, superiores a la muerte biológica, por tanto lo esencial es juzgar si una acción es o no es justa, con independencia del riesgo que se corra al decir la verdad. "No hay que considerar lo más importante el vivir, sino el vivir bien (eu dzên)", afirma en el Critón (48 b), lo que equivale a vivir justamente.

La convicción moral y la práctica de la virtud es más importante que el culto de la religión estatal. Sócrates defiende, pues, contra el subjetivismo de los sofistas, el conocimiento objetivo del bien y del mal y de la justicia como imperativo moral de carácter absoluto.

Y ante la posibilidad de que el tribunal lo absuelva a condición de guardarsilencio, renunciando a  investigar y a vivir filosofando, Sócrates responde con firmeza: "Voy a obedecer al dios antes que a vosotros y, mientras aliente y sea capaz, es seguro que no dejaré de filosofar" (Apología 29 d).

Seguirá exhortando a los atenienses para que se preocupen más de la sabiduría que del dinero, de los honores o de los cargos políticos, intentando persuadirlos de que no se centren en el cuidado del cuerpo, sino en el cuidado del alma para que ésta llegue a ser óptima. Explica al tribunal y al auditorio su forma de vida centrada en el cuidado del alma (epiméleia tês psychês) y en la práctica de la virtud, identificada con el conocimiento, que debe partir del reconocimiento de la propia ignorancia (amathía). La polaridad sabiduría vs. ignorancia es central en su filosofía y se prolonga en la platónica.

Él no piensa hacer otra cosa "aunque hubiera de morir muchas veces", afirma, pues realiza un servicio al dios de Delfos y es un gran beneficio para la ciudad de Atenas. Ésta viene comparada a un caballo grande y noble pero un poco lento, que necesita ser aguijoneado por un molesto tábano para despertarlo de su somnolencia, siendo ésta la función que le encomendó el dios: convencer a los atenienses de que se preocupen sobre todo de la virtud, el mayor de todos los bienes.

Aunque Sócrates pide al tribunal que no cometan el error de condenarlo a muerte de forma injusta, la cola del caballo terminó aplastando al "tábano de Atenas".  Su propuesta filosófica se centra en la reforma moral del individuo, sin buscar la reforma política que será el objetivo futuro de Platón.

El hecho de que haya querido ser un consejero privado y no público en la asamblea se debe a que se lo impidió unavoz interior que siente desde niño, calificada como "algo divino (theîon ti) y demoníaco", que lo disuadió de dedicarse a la política, cuya actividad juzga incompatible con la justicia.

Argumenta contra la injusticia del proceso y, en coherencia con sus principios morales, se niega a humillarse implorando clemencia con los habituales procedimientos lacrimógenos para conmover de forma emotiva a los jueces, trayendo incluso a sus hijos (uno adolescente y dos niños pequeños).

Recuerda a los jueces la declaración jurada que han hecho de administrar justicia en conformidad con las leyes, sin conceder una absolución de forma arbitraria en forma de gracia. En una primeravotación el acusado fue declarado culpable por mayoría de 281 votos, con una diferencia solo de 30.