En la época de los manuales de teología moral, a partir del s. XVII, se tendió a reducir el papel de la conciencia a aplicar principios deductivamente, con claridad y certeza para imponer normas y reprochar fallos.

En las controversias acerca de los sistemas morales laxistas, rigoristas o equilibrados (probabilismo, probabiliorismo, equiprobabilismo) para superar las dudas en el juicio y decisión morales, la conciencia parecía reducirse a un instrumento para captar la ley moral y aplicarla. Este enfoque ya se iniciaba en el siglo XIV (Ockham), por la mentalidad voluntarista, legalista y  extrinsecista, que veía la conciencia como simple árbitro del encuentro entre ley objetiva y decisión subjetiva.

Los debates del s. XX, sobre la ética de situación, provocaron la reacción autoritaria del magisterio eclesiástico, pero redescubrieron el discernimiento espiritual, olvidado tras el divorcio de teología moral y teología mística.

El Concilio Vaticano II reafirmó la tradición del discernimiento y asumió la autonomía de una conciencia madura, que no debe confundirse con un super-yo o un impulso inconsciente freudianos (Gaudium et spes 16-17, Dignitatis humanae, 3 y 14).

El desarrollo renovador de la moral teológica postconciliar avanzó paralelo a la crisis de conciencia suscitada por el rechazo de los métodos de regulación de natalidad considerados “no naturales” en la encíclica Humanae vitae. Se cuestionó por parte de muchos obispos y teólogos el énfasis excesivo en la relación entre el magisterio eclesiástico y la conciencia obediente (HÄRING, 1981; MCCORMICK, 1989).  Pero la crisis favoreció la reflexión sobre la función de la conciencia capaz de disentir responsablemente: no disentir “de” la iglesia, sino disentir “en” la iglesia, sintiéndose iglesia, para colaborar así a la evolución de la comprensión de la fe y de su práctica.

Por otra parte, se desarrolló durante las décadas siguientes una reacción opuesta de tendencia restauracionista para volver a la manera de entender la conciencia en la teología postridentina, tal como la exponía el esquema De ordine morali, redactado por la comisión preparatoria, pero rechazado por el Concilio.

La encíclica de Juan Pablo II, Veritatis splendor (VS, 1993), estuvo preocupada por evitar la oposición creciente entre los enfoques renovadores, que intentaban recuperar la mejor tradición sobre la conciencia (cf. VS 38, 41, 42), y las tendencias antirrenovadoras, que enfatizaban el autoritarismo del magisterio eclesiástico (cf. VS, 53, 59, 82). Pero, afectada por el miedo al relativismo y subjetivismo de estas dos décadas, la encíclica Veritatis splendor supuso, de hecho, un freno a la renovación postconciliar, criticando a las corrientes teológicas de esa línea (VS 4, 5, 67, 90, 115).

Las exhortaciones postsinodales del Papa Francisco (Evangelii gaudium EG y Amoris laetitia AL) han recuperado el cambio de paradigma postconciliar reafirmando una moral del discernimiento (AL 300-312), que hable más de gracia que de ley (EG 38), se centre en la caridad y la misericordia (EG 37), respete la gradualidad y las limitaciones en el crecimiento y maduración de la conciencia  (EG 44-45) y acompañe el discernimiento ayudando a formar las conciencias, pero sin pretender sustituirlas (AL 37) y prohibirles pensar, decidir y amar por y desde sí mismas.