A la misma lógica perversa de oponer ortodoxia y heterodoxia responderá la creación medieval del tribunal de la Santa Inquisición, marca específica de la iglesia católica y pensada contra los herejes (los cátaros del sur de Francia), o la creación del Índice de libros prohibidos, que duró desde el s. XVI hasta los años sesenta del s. XX.

La Institución católica del Índicellegó a contar con varios miles de libros, cuya lectura se prohibía a los fieles por ser pecaminosa y poner en peligro la fe. Incluía también a autores  cristianos, como fue el caso de Descartes en el s. XVII, pese a sus buenas amistades con los jesuitas. El control de las ideas y conciencias se convirtió, pues, en totalitario, lo que llevó a la persecución de toda disidencia ideológica, como harán los posteriores regímenes fascistas y totalitarios. Nihil sub sole novum.

El filósofo polaco Leszek Kolakovski, desde su postura escéptica y crítica con el dogmatismo teológico y epistemológico, cuestiona toda pretensión de poseer un conocimiento absoluto, tal como aparece en la idea monoteísta de una revelación en  un texto sagrado. Ello conecta históricamente con la creación de la Inquisición destinada a indagar y perseguir a cuantos disintieran de la ortodoxia,  impuesta como pensamiento único a todos los fieles cristianos. Por ello afirma que “la revelación es, por definición, un manual del inquisidor”.

Pero los inquisidores no eran extraños personajes malévolos y perversos. Simplemente defendían la ortodoxia, siendo coherentes con la verdad revelada y la doctrina evangélica. De hecho, algunos fueron elevados a los altares con categoría de santos, como Domingo de Guzmán, fundador de la Orden de Predicadores en el s. XIII o Roberto Belarmino, el perseguidor de Galileo en el s. XVI por defender el heliocentrismo.

El tribunal de la Santa Inquisición, institución creada por el catolicismo romano, no es un mero acontecimiento azaroso o accidental en la historia cristiana, sino algo derivado de la idea de ortodoxia, concebida como la correcta interpretación de la revelación bíblica, que es privilegio del e magisterio eclesiástico, declarado infalible. La revelación, pues, y la Inquisición, como afirma el filósofo polaco L. Kolakovski, son eslabones fácticos de la misma cadena.

La fe ortodoxa, por su propia naturaleza, crea exclusión y separación en vez de unión, contradiciendo el proclamado ideal bíblico del amor cristiano, que promete buscar la inclusión y la unión entre comunidades y personas creyentes. Sin duda, no todos los cristianos tenían mentalidad inquisitorial, pero ciertamente todos los inquisidores eran cristianos y fundaban sus condenas en los textos evangélicos, que hablaban de salvación para los fieles creyentes (los buenos y agraciados) y de condenación para los infieles (los malos y desgraciados).

No se debe olvidar que una parte del pueblo cristiano era también cómplice asistiendo al espectáculo de la quema de herejes en la plaza pública, encomendada al brazo secular. Dentro de esa lógica fatal, aplicada también a las maléficas brujas, las hogueras de la Inquisición eran un preludio terrestre del fuego eterno del infierno, proclamado por la Biblia y el magisterio eclesiástico en los diversos Símbolos o confesiones de fe católica, desde Nicea en el s. IV a Trento en el s. XVI.

A diferencia del judaísmo, que daba primacía a la ortopraxia (=práctica correcta) con el cumplimiento minucioso de los numerosos preceptos de la Ley, mostrando menos interés en el proselitismo, el cristianismo primó la recta doctrina u ortodoxia sobre la ortopraxia.

Es decir, la corrupción de las ideas y creencias era un pecado más grave que las conductas moralmente corruptas de los fieles y jerarcas, que un Dios misericordioso siempre podía perdonar con la mediación sacerdotal de la confesión en la tradición católica o con la penitencia en la protestante.

 El tribunal de la Santa Inquisición, más tarde llamado Santo Oficio, no perseguía conductas malas y depravadas, sino las falsas creencias de los herejes, que osaban oponerse de forma libre e insumisa al pensamiento único de la ortodoxia, custodiado por la autoridad del magisterio.

Aparte de la heterodoxia de expertos intelectuales, creadores de nuevas ideas y grupos sectarios, existe también una heterodoxia de carácter popular, manifestada en una amalgama de creencias y prácticas supersticiosas, de origen no cristiano. Pero la iglesia católica mostró más tolerancia con ellas. Al fin y al cabo, en el culto oficial había también influjos del paganismo.

Un caso especial de heterodoxia la constituyen los místicos, muy influenciados por la mística neoplatónica de Plotino y siempre sospechosos de panteísmo, como el maestro Eckhart (s. XIII-XIV), al optar por la unión del alma con la divinidad o por la no clara separación de Dios y el mundo creado, tesis condenadas por el papa de Aviñón Juan XXII.