Si el humanismo (sin credos) de Protágoras convierte al ser humano en la medida de todos los valores, este criterio antropocéntrico sería aplicable a las diversas costumbres de los pueblos, todas ellas igualmente justificadas, pues no existen cualidades con valor absoluto, sino que por convención tienen el valor establecido por cada pueblo, limitado en el espacio y en el tiempo. Se niega, pues el valor absoluto del derecho, de las creencias religiosas y de las normas morales, lo que implica la relatividad del bien. Platón defenderá, contra este relativismo de Protágoras, el valor absoluto del Bien, como harán también siglos más tarde los teólogos cristianos, al identificar el Bien absoluto con el Dios bíblico, de carácter personal.

Su obra Antilogías (Discursos contrapuestos) era un manual de técnica oratoria, cuyo principio básico era que sobre cada tema (prágma) existen dos discursos (lógoi) contrapuestos, de modo que es posible a un tiempo  decir y contradecir en un torneo de razones contra razones. Ello implicaba la exposición oral de un tema desde dos puntos de vista contrapuestos, como acusación (categoría) o como defensa (apología), de acuerdo  con la máxima de "convertir el argumento  más débil en el más fuerte", según confirma Aristóteles. Esto no significa que la causa más débil sea la más injusta, como suponía Aristófanes. Puede interpretarse  in bonam partem, de modo que la más débil sea la parte justa. Sin duda la retórica pudo utilizarse de forma abusiva, como en la erística. A  ello se opone Sócrates al defender la precisión de los conceptos como lo justo o lo bueno, buscando la definición universal, válida para todos, aunque sin la base ontológica de las Ideas de Platón.

En su obra Sobre los dioses (perì theôn) Protágoras escribe: "Sobre los dioses no puedo saber si existen o no, ni cuál es su naturaleza  (idea). Pues son muchos los obstáculos que impiden saberlo: tanto la no evidencia, como la brevedad de la vida humana (‘de divis neque ut sint neque ut non sint habeo dicere’, escribe Cicerón). Con ello afirma Protágoras un agnosticismo completo al negar toda prueba racional sobre la existencia de las divinidades, lo que se deriva de su teoría del conocimiento limitado a las sensaciones. De esta tesis procede su fama de impío e incluso de ateo, corruptor de la juventud, acusación que también se aplicó a Sócrates.

Dicho de otro modo, las divinidades existen para quien crea en ellas y no existen para quien las niega. Por ello lo más sensato es suspender el juicio, puesto que no podemos saber (eidénai) si existen ni conocer su naturaleza, dado que no poseemos evidencia empírica (adelótes) sobre el tema. Para la religión griega, sin embargo, lo esencial no eran las creencias, sino las prácticas de culto, las de carácter estatal o las mistéricas (órficas, eleusinas o dionisíacas).

Toda religión es un producto cultural como lo es la lengua y no podemos afirmar ninguna como la única verdadera. Como sostenía Jenófanes, los diversos pueblos inventan sus propias divinidades y ninguna es más verdadera que otra, pues todas son productos culturales, como las lenguas o las leyes. Probablemente Protágoras, como buen "ilustrado", extendió su crítica a las formas de superstición y a la mántica. El pensamiento de Protágoras nos remite al deísmo del ilustrado Lessing quien, con su apólogo de los tres anillos dorados, criticaba la pretensión de los tres monoteísmos de poseer la fe verdadera.

Sobre el tema nuclear de la educación de la juventud, Protágoras se opone claramente al modelo  aristocrático tradicional. La areté, virtud o excelencia en educación puede enseñarse, combinando el talento natural, la instrucción y el ejercicio práctico, pues la formación cultural mejora la naturaleza  y la enseñanza (didaskalía) debería comenzar pronto. Plutarco cita la tríada pedagógica de los sofistas en analogía con la metáfora de la agricultura, como unión de terreno, simiente y campesino, lo que recuerda también la parábola del sembrador en el Evangelio de Mateo, referida a la predicación de la palabra de Dios.

Esta visión optimista de la naturaleza humana que tiene Protágoras anticipa a los futuros ilustrados y contrasta con el pesimismo cristiano de la naturaleza inclinada al mal por el dogma del pecado original. La teología de Lutero exageró la inclinación de la naturaleza humana al pecado (concupiscentia), por lo que la salvación solo viene por la gracia divina, no por el mérito de las obras, contra toda teoría pelagiana. Para el ilustrado Kant la educación será el desarrollo en cada individuo de toda la perfección de que la naturaleza de cada uno sea capaz.

En el diálogo Protágoras Platón describe  una polémica en casa del rico Calias entre Sócrates y Protágoras a modo de un pugilato en una palestra con un público que los aclama, con ataques y contraataques que conducen a la derrota dialéctica de Protágoras. A esa reunión asisten también los sofistas  Pródico de Ceos e Hipias de Elis, quienes intervienen con sus propias teorías. También asiste el político Alcibíades y los dos hijos de Pericles, entre otros. El tema de discusión es si la virtud o excelencia política (politiké areté) es o no enseñable. Potágoras afirma que sí, con el fin de formar buenos ciudadanos (agathoús polítas), pues ese era su oficio ejercido durante más de 40 años.   Sócrates niega que esa  virtud sea enseñable.  Solo lo sería si fuese verdadero conocimiento (epistéme) o sabiduría (sophía o phrónesis), que es la garantía de obrar bien, lo que no es el caso de la falsa sabiduría de los sofistas.

Sócrates defiende una sabiduría superior a la de Protágoras y un método también diferente: el diálogo y la mayéutica, que conducen al conocimiento de sí mismo y a la acción justa y correcta, lo que se opone igualmente  a la retórica de Gorgias, destinada a mover las emociones y la adulación del pueblo en orden a conquistar el poder.  Pero para Sócrates la cuestión central no es si la virtud es enseñable, sino en qué consiste la virtud en sí misma. Lo relevante es averiguar su forma universal (eídos o ousía), así como la cuestión de la unidad o pluralidad de la virtud, ya que toda virtud implica conocimiento.

En el dialogo citado Protágoras formuló también una teoría sobre el origen de la cultura a partir de la naturaleza animal, lo que explica de forma alegórica al interpretar el mito de Prometeo y Epimeteo. La naturaleza dotó a los animales de superioridad física (reparto del necio Epimeteo), pero el robo del fuego divino por Prometeo, benefactor de la humanidad, simboliza la superioridad técnica e intelectual del ser humano. La razón, "porción divina del hombre" (theia moîra) capacita a los humanos para la invención de la técnica y de las diversas formas de cultura, que complementan su  naturaleza. Aparece también la distinción  entre las virtudes técnicas, que son particulares,  y  las políticas, necesarias para la convivencia cívica y regalo de Zeus:  el respeto o decoro (aidós) y la justicia (díke), que posibilitan el derecho necesario para toda sociedad humana.