Newton era un hombre con una profunda Fe supersticioso-religiosa. Newton era y fue un gran científico, y en apariencia un hombre profundamente anglicano, y digo en apariencia porque en la Inglaterra que le tocó vivir había que ser o aparentar ser muy anglicano si querías mantener tus cargos y reputación en las diversas instituciones anglicanas que ocupó.

Newton creía en Dios, pero no creía en la Trinidad, un seudónimo que el usaba para publicar secretamente sus trabajos sobre la magia y la alquimia era “Jehová Sanctus Unus”. Se sabe que tuvo numerosos problemas en vida por su concepción arrianista de la Fe, sobre todo en el Trinity College.

Una de sus obsesiones fue la obtención de la piedra filosofal, de la que se aseguraba que podría transmutar metales en oro y plata, pero nunca logró tal cosa. Otra de las obsesiones alquimistas de Newton fue el elixir de la vida, y se comenta que fruto de la experimentación consigo mismo padeció toda clase de enfermedades algunas de las cuales lo llevaron a crisis nerviosas. Se rumorea que uno de sus elixires lo llevo a la muerte. Otra de las obsesiones de Newton fue predecir el Apocalipsis.

En definitiva, su Fe era muy personal, no se ajustaba al anglicanismo, y mucho menos al catolicismo, religión que el detestaba. Llegando incluso a mezclar la superstición científica con la alquimia, por la cual el sentía una devoción mayor que por la física y las matemáticas.

En ciencia sus méritos son innegables, en el terreno religioso es mejor pensar que era un fervoroso creyente en Dios y un gran estudioso de las sagradas escrituras, pero no compartió la religión de su tiempo, tratando simplemente de aparentar para evitarse problemas con el puritanismo Inglés.