Nacido el 11 de septiembre de 1929 en Koaling, en la diócesis de Leribe, entonces colonia británica en Basutoland, el futuro cardenal tuvo que esperar once años antes de recibir el bautismo. Era el 12 de diciembre de 1940, y en la iglesia de San Pablo de Butha-Buthe el joven Sebastián recibía el Sacramento, mientras maduraban ya en él las primeras semillas de una vocación religiosa.
Primer obispo de la recién creada diócesis de Mohale's Hoek
En Roma, no en la capital italiana sino en la ciudad homónima de Lesoto, en el territorio de la archidiócesis de Maseru, Koto comenzó sus estudios de filosofía y teología en el seminario mayor de San Agustín. Entró en la Congregación de los Oblatos de María Inmaculada, y el 5 de enero de 1950 fue admitido al noviciado y el 6 de enero de 1951 hizo su profesión religiosa. Dos días después de recibir la ordenación sacerdotal, el 21 de diciembre de 1956, tuvo un gesto simbólico al administrar el bautismo a su padre.
Después de ocupar numerosos puestos en parroquias y seminarios durante los años en que el país estaba en vías de independencia, en 1975 Koto fue nombrado primer director nacional de las Obras Misionales Pontificias en Lesoto. El 10 de noviembre de 1977, Pablo VI lo eligió primer obispo de la recién fundada sede residencial de Mohale's Hoek.
De él partió un impulso a la Iglesia católica del país
Como tal, dirigió la comunidad local con humildad y firmeza: con él, el número de bautizados aumentó en más de un 20%, con un número creciente de vocaciones al sacerdocio, hasta el punto de que el seminario mayor no podía acogerlas todas. De 1982 a 1987 fue presidente de la Conferencia Episcopal de Lesoto y gracias también a su acción, junto con la de otros hermanos, la Iglesia católica se convirtió en la principal institución educativa del país.
En mayo de 2006, después de treinta y seis años, dimitió por límite de edad, pero permaneció al servicio de la Iglesia como Administrador Apostólico hasta el 11 de febrero de 2014, continuando con diversas actividades como la gestión de un hogar para una veintena de huérfanos o la asistencia a menores discapacitados. Muy querido y apreciado en el país, fue considerado unánimemente "un gran trabajador" y "un hombre de Dios".
Cardenal por voluntad del Papa Francisco
El Papa Francisco le entregó la púrpura en el Consistorio del 19 de noviembre de 2016, el tercero de su pontificado, durante el cual había creado siete nuevos cardenales, trece con derecho a voto en un posible Cónclave y cuatro mayores de 80 años. El cardenal Koto Khoarai era uno de estos últimos, pero por razones de salud no pudo asistir a la ceremonia en el Vaticano. El 21 de enero de 2017 recibió la birreta, el anillo y el título de cardenal, conferidos durante la misma ceremonia por el cardenal Wilfrid Fox Napier, arzobispo metropolitano de Durban, de manos del nuncio apostólico en Lesoto, Peter Bryan Wells.
Con la muerte del cardenal africano, el Colegio Cardenalicio está compuesto por 224 cardenales, de los cuales 126 son electores y 98 no electores.
